iCloudバックアップで、アプリの同期をオフにしようと考えています。このとき、iPhoneにインストールしているアプリは削除されますか？また、機種変更の時、同期していないアプリは新しいiPhoneに引き継がれますか？

iCloudのバックアップは、お使いのiPhoneのデータをiCloudにコピーして保管する機能です。
iCloudでバックアップや同期をオフにしても、現在のiPhoneに保存されているアプリやデータが削除されることはありません。
2つ目の質問についてですが、引き継ぎ方法によって状況が異なります。
例えば、「クイックスタート」を利用した場合は、ほとんどのアプリやデータが引き継がれます。
一方、iCloudバックアップから復元した場合、バックアップや同期の対象外だったアプリは自動的にインストールされないことがあります。
しかし、インストールされなかったアプリもApp Storeから再度ダウンロードすれば使えます。
また、そのアプリがアカウントやパスワードでログインして利用するタイプであれば、ログインし直すことでデータは引き継がれる場合が多いです。
参考リンク:
https://voc-jp.org/2025/02/13-12-2/