VoiceOverの困りごとはここで検索! スマートアクセシビリティに寄せられた質問とアドバイスは、きっとあなたの助けにもなります。例えば、『LINE』と入力して検索すれば、LINEに関する情報が表示されます。情報が見つからなかったときは、キーワードをローマ字にしたり、短い言葉に替えてみましょう。

よく使う単語を、ユーザ辞書に登録して、読み方も登録したんですけど、変換候補の、1番上に出てこなくて。3番目ぐらいに出てくるんですけど。これは、iPhoneが、学習してくれるのを、待つしかないのでしょうか?

学習してくれるまで待つというのも一つの手です
もう一つのやり方は
設定、一般、転送またはiPhoneをリセット、リセットと進み
キーボードの変換学習をリセットを実行してみてください