Webサイト等のログイン時に送られてくる2段階認証の数字コードについて、メールアドレス宛に届いた場合でもキーボード上の自動入力機能を利用できますか。

iOS標準のメールアプリに該当のメールアドレスを設定しておけば、自動入力機能を利用できる場合があります。
コードの入力画面でテキストフィールドをダブルタップしてキーボードを表示させた際、キーボードの少し上の部分に自動入力のメッセージが表示されれば、そこをダブルタップするだけで一括入力されます。
ただし、自動入力に対応しているかどうかは送信元のWebサイトやアプリの仕様に依存します。