3本指でダブルタップすると、VoiceOverの読み上げが消音になりますが、このジェスチャーを無効にできますか？

はい、VoiceOverで割り当てられているコマンドを削除することで、3本指ダブルタップジェスチャを無効にすることができます。
以下の手順を参考にしてください。

タッチジェスチャのコマンドを削除する方法

1.
設定アプリから、アクセシビリティ、VoiceOverを開く。
2．
コマンドを開く。
3．
タッチジェスチャを開く。
4．
無効にしたいジェスチャまでスワイプ。
それからダブルタップ。
5．
リストの最後にある「削除」をダブルタップ。

これにより、3本指ダブルタップジェスチャを行っても、消音のオン/オフが切り替わることはなくなります。