ホームボタンがあるiPhoneとホームボタンがないiPhoneでは、VoiceOverの操作に違いはありますか？

はい、ホームボタンの有無によってVoiceOverの操作にはいくつかの違いがあります。
主な違いは以下の通りです。

ホームボタンがあるiPhone

・生体認証はTouch IDです。ホーム画面を表示するには、ホームボタンを押します。アプリスイッチャーを開くには、ホームボタンを2連続で押します。
・Siriの起動はホームボタンを長押しします。
・App Storeアプリからアプリをダウンロードするときは、ホームボタンに触って認証します。
・ロック画面で、Apple Payを使うときは、ホームボタンを2連続で押します。

ホームボタンがないiPhone

・生体認証はFace IDです。ロックを解除したりホーム画面に戻るには、画面の下端にタッチしてから上方向にスライドし、振動を感じたら離します。
・アプリスイッチャーを開くには、画面の下端にタッチしてから上方向にスライドしつづけ、2回目の振動を感じたら指を離します。
・コントロールセンターを開くには、画面の上端にタッチしてから下方向にスライドし、振動を感じたら指を離します。
・通知センターを開くには、画面の上端にタッチしてから下方向にスライドしつづけ、2回目の振動を感じたら指を離します。
・Siriの起動はサイドボタンを長押しします
・App Storeアプリからアプリをダウンロードするときは、サイドボタンを2連続で押して認証します。
・ロック画面で、Apple Payを使う時は、サイドボタンを2回連続で押します。